Situé à la limite des préfectures de Shizuoka et Yamanashi au sud ouest de Tôkyô, ce volcan en sommeil, dont le cratère du sommet a un diamètre d'environ 800 m et une profondeur de 250 m, forme un cône presque parfait.
Fuji San est l'une des plus jeunes montagnes de l'archipel japonais. On estime que ce volcan commença à émerger de terre il y a 25000 ans et qu'il a acquis sa forme actuel vers 8000 avant JC.

